FishView

FishView is an application used by scientific teams working in fishery research. It features functions for aggregating fishery data on the QGIS platform. It is available on the ships Thalassa and Europe.

Leveraging a General Bathymetric Chart of the Oceans (GEBCO), FishView enables the operator to manipulate and visualize navigation information, as well as cruise data in the form of layers, such as:

  • Trawl tracks
  • Trawl position and shape
  • Stations
  • Species caught

FishView also enables the user to summarize the aggregated information in the form of a standardized table showing data relating to each trawl track (table HH).

The tool is a plugin written in the Python programming language and is available for the 2.18 LTR version of QGIS.

FishView functionnalities are:

  • Import data from fishery research cruises.
  • Display data in “shapefile” layers.
  • Process data: filtering and aggregating.
  • Generate maps via the QGIS map composer.

Data sources managed by the tool are:

  • Events sourced from the CASINO electronic logbook: These events are linked to the fishing gear and sensors used for the cruise, and include trawl tracks, completed stations and any other observation logged by members of the scientific team.

The data is held in a MySQL database.

  • Data from MARPORT sensors: These sensors describe the position and shape of the trawl during a run. Data is generated in the NetCDF format by the ship’s acquisition unit.
  • Information from the sorting room entered into the Allegro application: Such information describes the species comprising the schools and their biological parameters. A .csv file exported from Allegro summarizes all the data generated from each trawl run.

FishView uses this data to generate a set of shapefile layers and applies to it a special symbology:

  • Ship navigation.
  • Trawl tracks.
  • Operations undertaken during stations.
  • Trawl shape in graphic form.
  • Pie charts showing the distribution of the species caught during a run, according to the number of individuals or weight.
  • Division of data into homogenous classes for a given species.

These functions enable the user to quickly and easily summarize on a map the information collected during the cruise. The following examples show how data from a bottom-trawling cruise is displayed (IBTS, International Bottom Trawl Survey).

 

Availability

FishView  is currently being deployed on Thalassa and L’Europe.

Licence

Fishview  is available for free under an academic licence (non-commercial use).  

Contact

Email : fishview@ifremer.fr

Présentation de la licence académique

Conditions de la licence

L'utilisateur du Logiciel s'engage à respecter les conditions d'utilisation du Logiciel définis ci-après dans le cadre de la licence Logiciel.

LICENCE LOGICIEL :

Le droit d’utilisation est non-transmissible à des tiers et non-exclusif. L’exercice du droit d'utilisation du Logiciel par son utilisateur, qui l’accepte « tel quel » pour utilisation sur ses propres équipements, est strictement limité à ses propres agents au sein de ses propres locaux ainsi qu’aux personnes intervenant sous son autorité hiérarchique.

Par la présente licence, l'utilisateur aura accès à une version exécutable du Logiciel.
En aucune manière, l'utilisateur ne disposera du Logiciel source.
La présente Licence ne confère à son utilisateur aucun droit de modifier, adapter, traduire, reproduire ou démonter le Logiciel.
L'utilisateur reconnaît que tous les droits sur le Logiciel incluant les droits de modification et d’incorporation du Logiciel dans un autre programme restent exclusivement détenus par l’Ifremer.
L'utilisateur utilisera le Logiciel pour ses propres besoins internes exclusivement et à des fins de recherche. Toute exploitation commerciale ou diffusion à quelque titre que ce soit (cession, revente, licence concédée à des tiers, démonstration publique….) pouvant être faite du Logiciel totalement ou partiellement est interdite et ne pourra se faire sans l’accord écrit préalable de l’Ifremer.

La présente licence est concédée à titre gracieux.

La présente licence n'oblige en aucune manière l'Ifremer à la réalisation de prestations d'assistance technique ou de maintenance du Logiciel.

Tous les droits d’auteur relatifs au Logiciel ainsi qu’à sa copie, tant ceux concernant le programme lui-même que son contenu (tel que par exemple sans que ce soit limitatif, toute image, toute sous-application, tout élément vidéo ou sonore) sont la propriété exclusive de l’Ifremer. Par cette Licence, l'utilisateur n’acquiert, aucun autre droit ou titre sur le Logiciel, que ceux expressément accordés dans le présent contrat. Le Logiciel est protégé par les dispositions légales et réglementaires en vigueur en vertu de la loi française et des conventions internationales.

En conséquence l'utilisateur du Logiciel ne pourra reproduire tout ou partie du Logiciel. L'utilisateur du Logiciel ne pourra reproduire tout ou partie du Logiciel. l'utilisateur du Logiciel ne pourra non plus retirer ou extraire du Logiciel toute marque déposée. Sauf permissions légales, l'utilisateur ne pourra modifier, étudier par ingénierie inverse, adapter, décompiler, désassembler, créer des programmes dérivés du Logiciel.

Ifremer devra être cité dans tous les documents issus des travaux réalisés à l’aide du Logiciel et lors de toute communication de résultat issus de ces travaux, l'utilisateur devra faire apparaître de manière visible, la mention écrite suivante : « Ifremer Software ».

Durée

La présente licence entrera en vigueur à compter de son acceptation par l'utilisateur pour toute la durée légale des droits d’auteur s’appliquant au Logiciel selon le droit Français et les conventions internationales, ou dans un délai d’un (1) mois suivant la notification par l'utilisateur communiqué à l’Ifremer, de cesser toute utilisation du Logiciel. A compter de cette date, le droit d’usage reconnu à l'utilisateur viendra définitivement à échéance.

Assistance technique

Sur demande de l'utilisateur, Ifremer peut proposer les prestations suivantes :
- Assistance à l’installation du Logiciel, à distance par courriel,
- Support technique à distance, par courriel,
- Session de formation sur site,
- Mise à jour du Logiciel.

Dans le cas d’une telle demande, les termes et conditions notamment financières des prestations d’assistance technique et/ou de maintenances effectuées sur demande de l'utilisateur feront l’objet d’un acte écrit entre les Parties.

Confidentialité

L'utilisateur s’engage à considérer comme confidentielles et garder secrètes toutes les informations ou éléments, qu’ils soient matériels ou immatériels, fournis par l’Ifremer, tels que les connaissances, les idées, les données, le savoir-faire, les techniques, les programmes, principes et concepts contenus dans le Logiciel (ci-après « les Informations Confidentielles »). L'utilisateur s’engage à ce titre à maintenir secrètes toutes ces Informations Confidentielles et à ne pas les divulguer à des tiers dans l’accord de l’Ifremer.
L'utilisateur s’assurera du respect de la présente clause de secret à l’égard de toute personne relevant de son personnel et amenée nécessairement à prendre connaissance du Logiciel.

Responsabilité

Le Logiciel sera remis « tel quel » induisant par conséquent l’exclusion de toute garantie, quelle qu’elle soit, tenant à la performance, l’adaptabilité ou l’obtention de résultats particuliers issus de l’utilisation du Logiciel

En aucun cas, l’Ifremer ne pourra être tenu pour responsable de quelque dommage que ce soit tel que notamment des manques à gagner, perte d’informations découlant de l’utilisation par l'utilisateur du Logiciel.

L'utilisation du Logiciel est faite sous la seule responsabilité de son utilisateur qui renonce à tout recours pour quelques causes et motifs que ce soit et garantit l'Ifremer contre toute action éventuellement intentée par des tiers.

La présente licence est régie et interprétée suivant le Droit et devant les tribunaux français.