Le fluorimètre, branché sur le même circuit d’eau de mer que le thermosalinomètre, mesure la concentration de chlorophylle présente dans l’eau de mer. Un faisceau de lumière dans l’ultraviolet éclaire les cellules de phytoplancton, la chlorophylle contenue absorbe cette lumière qui est ensuite ré émise dans l’infrarouge. On peut ainsi en déduire la densité de phytoplancton.