La deuxième étape est l'examen des dossiers de demande de campagne par les évaluateurs de chacune des disciplines scientifiques lors des Commissions Nationales de la Flotte. De cette évaluation par les commissions, il se dégage un "classement" selon le degré de pertinence scientifique des projets proposés (programmable ou non retenue, ou encore hors classement…).
Ces commissions tiennent leur session d'évaluation en décembre N-2 pour les navires hauturiers et en mars N-1 pour les navires côtiers.