Lors de la troisième étape, la Flotte océanographique française élabore la programmation des moyens navals (navires, équipements et engins). Pour ce faire le Pôle Opérations Navales étudie chaque demande de campagne retenue par les Commissions et instruit le besoin, en étroite collaboration avec les porteurs de projets pour aboutir à la planification d'une ou plusieurs missions à la mer en vue d'atteindre les objectifs de la campagne. Ces démarches minutieuses sont de multiples natures et peuvent revêtir un caractère diplomatique, de sûreté, réglementaire, technique, logistique, de ressource et de compétences, dans une gestion budgétaire stricte.

Les contraintes prises en considération sont entre autres :

• les impératifs de dates exprimés par les chefs de missions, lorsqu'ils sont pleinement justifiés,
• l'ancienneté de campagnes antérieures non réalisées,
• la disponibilité des équipements et des navires (MCO) et des personnels techniques nécessaires à leur mise en œuvre,
• les impératifs budgétaires, techniques et logistiques,
• l’optimisation des temps de transits entre les différentes campagnes,
• les aspects sûreté, diplomatie, sécurité,
• l’interaction éventuelle entre flotte hauturière et côtière.

Après l’aval du comité directeur de la Flotte et du conseil d'administration de l'Ifremer, le programme prévisionnel est officialisé en décembre de l’année qui précède l’année de réalisation des missions.